La historia comienza en el año de 1790 cuando el virrey conde de Revillagigedo ordena los trabajos de emparejamiento y atarjeas en la plaza principal de la capital de la Nueva España. La figura clave fue este conde ya que ordenó que se conservaran en vez de ser destruidas, en este cambio se hace notar la influencia de las ideas de Carlos III que era la preocupación por conservar monumentos u objetos.
El primer hallazgo se realizo el 13 de agosto del mismo año, la descripción que un guardia del palacio hizo sobre este objeto encontrado fue la siguiente: "en la plaza principal, enfrente del real palacio, abriendo unos cimientos sacaron un ídolo de la gentilidad, cuya figura era una piedra muy labrada con una calavera en las espaldas, y por delante otra calavera con cuatro manos y figuras en el resto del cuerpo pero sin pies ni cabeza" Este fue el descubrimiento de la Coatlicue.
El segundo hallazgo se realizo el 17 de diciembre, este fue el de la Piedra del Sol, la cual fue más aceptada por los españoles por razones que veremos más adelante.
La principal aportación a la arqueología de Antonio de León y Gama fue su obra "Descripción histórica y cronológica de las dos piedras", aquí incluye la descripción del hallazgo, las medidas y grabados de las piezas y su interpretación, que se acompañan con estudios basados en las fuentes históricas hasta entonces conocidas, así como el análisis del tipo de roca en el que están esculpidos los monumentos. La Coatlicue la atribuye a una diosa que llama Teoyamiqui y a la piedra del sol la da un concepto calendárico aunque nunca sostiene que sirva como este.
El destino de las dos piedras es muy distinto. El 6 de septiembre de 1790 se firma un acuerdo para que la Coatlicue fuera llevada al patio de la Real y Pontificia Universidad para asegurar su conservación; este fue el primer acto oficial que sin saberlo inicia un museo de antigüedades. La Piedra del Sol fue colocada en la torre poniente de la Catedral de México. Una de las razones por la que tuvieron este destino fue porque la Piedra del Sol es un círculo perfecto con los glifos de los días grabados en ella, esto demostraba que fue hecha por pueblos civilizados y servía para refutar las ideas de los Ilustrados que consideraban que eran simples pueblos bárbaros.
Los profesores de la Real y Pontificia Universidad no deseaban exponerla a la vista de la juventud mexicana porque según unos la diosa mexica era indigna de figurar al lado de las replicas griegas y romanas que había donado por Carlos III, por lo tanto deciden enterrarla con ese pretexto. Humboldt nos explica que esto fue hecho ya que había el temor de revivir entre los indígenas algo de la antigua religión.
La historia de la Coatlicue no termina aquí, en 1803 Humboldt en su libro "Sitio de las Cordilleras" relata y describe diversas piezas, sitios y códices de la antigüedad, entre ellas La piedra del sol y la Coatlicue. Para estudiar la primera no presenta ningún problema, pero cuando quiere ver la coatlicue se entera que fue enterrada; pregunto a los frailes cuál fue el motivo para actuar así y ellos solo respondieron que fue para no oponerla a la juventud mexicana. Pidió intervención de don Feliciano Marín, entonces obispo de Linares y así pudo estudiarla, pero al terminar la vuelven a enterrar.
Fue hasta la presidencia de Guadalupe Victoria, cuando por órdenes de él, es finalmente desenterrada.
